便秘多因体内上火，津液耗竭，大便乾涩和炎肿肠狭所致，由於大便困难，故使肛门受到创伤後，导致肛裂、出血、痔疮甚至发生癌变。

蜂蜜中存在一些益生菌，在粘稠成熟的蜂蜜中是停止活动的，但并不等於死亡，经过稀释的蜂蜜进入胃肠适宜的温度环境和通气避光的条件下，益生菌被激活，开始活跃，合成并释放多种转化酶，分解各种食物，同时促进胃肠蠕动，使人们能进行正常的新陈代谢，恢复正常的排泄功能，也能恢复胃肠内各种菌的均衡，制止饱肚拉稀。

此外蜂蜜对结肠炎、十二指肠溃疡、胃穿孔、消化不良及慢性胃炎等疾病均有效果。