这是食用花粉几乎立竿见影的一大特点。人类的肠脏呈复杂性弯曲，食物下肚，吸收了养分，剩下的残渣，经过漫长的肠道，通向肛门而排出人体外。但由于人粪有很强的吸附力，往往不很通畅，加以人体内的异物，致使肠内的有害细菌，不断产生毒素，如粪便不能及时排出体外，对人的健康影响极大。因此预防便秘是一个必须经常注意的问题。

中国汉代著名养生学家王充有几句名言：“欲得长生，肠中常清；欲得不死，肠中无糠。”

花粉中的营养物质，能促进胃液正常分泌，使消化系统机能保持良好状态。花粉中的酶，能使肠胃分泌天然乳酸，使肠脏保持正常蠕动，而糖能增加人体肠道的益生菌，抑制有害菌的生长，这一切都有利于大便畅通，因此对顽固性便秘效果尤佳。对萎缩性胃炎也有一定的功效。花粉还有助于止痢疾。患痢疾者食用花粉，可收到显著效果。